Todo Shinobi tem um nível de graduação pelo qual é possível se avaliar a força e a habilidade que ele possui, existindo claro algumas poucas exceções. São vários os níveis shinobis existentes, abaixo conheceremos alguns deles:
 

   É o primeiro passo de um ninja. Todos os shinobis começam na academia, com a finalidade de terem a "base" de o que é realmente ser um ninja. Eles são os mais fracos, mas pode haver algumas exceções. Zabuza por exemplo, ainda não era graduado como gennin e matou muitas pessoas. Gaara, quando tinha 6 anos podia matar Chuunins e Jounnins que tentaram assiná-lo. Existem também casos como os de Haku ou Kimimaro, que nunca freqüentaram uma academia ninja por causa de seus problemas sofridos na infância, por possuírem linhagens sangüíneas avançadas, e mesmo assim, são ótimos shinobis. Geralmente os Estudantes usam técnicas como Bunshins, Kawarimi, técnicas com armas, etc...
   Alguns exemplos de Estudantes da Academia: Konohamaru, neto do Terceiro Hokage (Sarutobi), Moegi e Udon.

   Shinobi já graduado na academia ninja. A maioria dos gennins utiliza técnicas básicas, grande parte delas aprendidas na academia, mais é valido lembrar que alguns Gennins, desenvolvem técnicas próprias, ou caso tenham, técnicas de sua linhagem sangüínea avançada. Normalmente são formados grupos de três Gennins para serem treinados por um Jounnin. Eles recebem missões muitos fáceis e "chatas", como andar com os cachorros de um homem rico ou procurar um gato, resgatar um animal que fugiu, ou ajudar pessoas a colher e plantar. Apenas depois de um bom tempo, os gennins começam a aplicar suas habilidade em missões mais complicadas, que variam entre missões de nível D à missões de nível B.
   Alguns exemplos de Gennins: Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke, Haruno Sakura, Yamanaka Ino, Akimichi Chouji, Inuzuka Kiba, Aburame Shino, Hyuuga Hinata, Rock Lee, Hyuuga Neji, TenTen e Outros...

   Depois de participar do exame Chunnin (Chunnin Shiken), o Gennin é julgado por sua força e inteligência pelos Kage's e superiores presentes dentre os juizes. Eles agora são qualificados para liderar um grupo de Gennins durante missões extracurriculares, como por exemplo, quando o vilarejo é atacado. Eles podem ser mandados em missões sozinhos ou em grupo. Eles normalmente viajam em grupos de quatro nas missões.
   Alguns exemplos de Chunnins: Nara Shikamaru (depois do exame chunnin) Umino Iruka, Mizuki...

   Chunnins que possuem uma inteligência e uma força extraordinária são promovidos para Jounnins. Este é um nível ninja muito alto, todos os Jounnins são enviados para missões mais difíceis do que as dos Chunnins, normalmente envolvendo assassinatos e infiltrações, como as missões de nível A e S. Alguns Jounnins possuem uma força incalculável e algumas habilidades completamente desconhecidas. Além disso, Jounnins são maduros o suficiente para treinar grupos de três Gennis e acompanhá-los em missões.
   Alguns exemplos de Jounnins: Hatake Kakashi, Maito Gai, Sarutobi Asuma, Yuuhi Kurenai, entre outros...

   Todo Jounnin Especial tem alguma habilidade fora do comum em alguma área específica. Por exemplo Morino Ibiki, que é do grupo de Interrogação de Konoha (Grupo de Tortura para quem não cooperar). Mitarashi Anko é uma Jounnin Especial, pois graças à sua familiaridade com o vilarejo do som, consegue fornecer informações especiais para Konoha. Na ANBU, espécie de "Policia Especial de Konoha", todos os membros são Jounnins Especiais.
   Alguns exemplos de Jounnins Especiais: Gekkou Hayate, Morino Ibiki, Mitarashi Anko, Todos ANBU´s, etc...

   A Elite Especial Shinobi. Todos os shinobis existentes na ANBU são Jounnins Especiais e além de tudo, tem um altíssimo poder. Os Shinobis ANBU são normalmente enviados para capturas, assassinatos especiais, investigações secretas e sempre tem participações nas guerras. Os shinobis ANBU utilizam máscaras que acreditam estarem relacionadas à personalidade do usuário.
   Alguns exemplos de ex-membros ANBU: Hatake Kakashi, Uchiha Itachi, Yamato.

   Ninjas que abandonaram por motivos pessoais ou traíram o seu vilarejo. Por isso, eles são marcados para serem mortos pelos Oinins (Caçadores Ninjas), que caçam sua presa (Ninjas Fugitivos) e sempre tentam cumprir seu objetivo.
   Alguns exemplos de Ninjas-Rejeitados: Uchiha Itachi (Konoha), Hoshigaki Kisame (Névoa), Momochi Zabuza (Névoa), Orochimaru (Konoha), etc.

   Caçadores Ninja são os shinobis especializados em matar ou capturar os Ninjas-Rejeitados que fogem da vila. Normalmente possuem um poder especial como uma linhagem sangüínea avançada ou jutsus especiais. São shinobis extremamente inteligentes e conhecedores da estrutura corporal de um ser humano. Podem ser identificados por suas máscaras especiais (parecidas com a da ANBU).
   Durante todo o anime, nenhum destes ninjas realmente são mostrados, mas, logo na primeira temporada; Haku aparece nos trajes de um caçador e se diz um suposto caçador.

   Fortes candidatos ao cargo de Kage, são considerados "Ninjas Lendários" e que decidiram viver fora de suas respectivas vilas por razões pessoais, porém não são considerados Ninjas-Rejeitados, pois mantém o contato com suas vilas. São pessoas de incalculável poder e muita sabedoria. A força de um Sannin chega até a ser comparada com a de um Kage.
   Os Sannins que aparecem no anime são os Três Sannins Lendários de Konoha: Jiraya, Orochimaru e Tsunade, os três discípulos de Sandaime, o Terceiro Hokage.

   O mais poderoso Shinobi de um vilarejo. Seu poder só pode ser comparado ao de outro Kage (de outra vila). Sua finalidade é administrar toda vila, incluindo os shinobis dela, as missões e seus moradores. Caso haja uma guerra, se necessário, o Kage será capaz da dar sua vida pelo seu vilarejo.
   Alguns exemplos de Kages: Shodai Hokage, Nidaime Hokage, Sandaime Hokage, etc.